Optimasi Duplex PCR untuk Deteksi Simultan Gen Penyandi Faktor Virulensi ompW dan ctxA Vibrio cholerae

  • Rian Ka Praja Program Pascasarjana Universitas Udayana
  • I Dewa Made Sukrama Fakultas Kedokteran Universitas Udayana
  • Ni Nengah Dwi Fatmawati Fakultas Kedokteran Universitas Udayana
  • Wahyu Hidayati Fakultas Kedokteran Universitas Udayana

Abstract

Vibrio cholerae merupakan salah satu agen foodborne disease yang dapat ditularkan melalui seafood. Penelitian ini bertujuan untuk optimasi gen penyandi faktor virulensi outer membrane protein W (ompW) dan cholerae toxin subunit A (ctxA) menggunakan teknik Duplex Polymerase Chain Reaction (dPCR). Dua bakteri V. cholerae O1 serotipe Ogawa dan Inaba digunakan pada penelitian ini. Proses isolasi DNA dilakukan menggunakan metode Boil Cell Extraction (BCE). dPCR dilakukan menggunakan dua pasang primer (forward dan reverse) ompW-F, ompW-R dan ctxA-F, ctxA-R dengan panjang produk masing-masing 588 bp dan 302 bp. Tahap optimasi yang dilakukan dalam proses dPCR ini meliputi variasi suhu annealing, variasi konsentrasi primer serta variasi volume DNA template kemudian deteksi produk dPCR dilakukan dengan elektroforesis pada gel agarosa 1,5% dan divisualisasi menggunakan alat Gel DocTM XR (Bio-Rad). Hasil penelitian menunjukkan komposisi reaksi dPCR yang terbaik untuk mendeteksi gen ompW dan ctxA secara simultan terdiri dari PCR mix (Promega) 12,5 ?L, primer ompW-F, ompW-R 0,5 ?M, primer ctxA-F, ctxA-R 0,3 ?M, nuclease free water 6,5 ?L dan DNA template 2 ?L sehingga volume total menjadi 25 ?L. Kondisi mesin PCR terdiri dari pre-denaturasi 95oC selama 2 menit (1 siklus) diikuti oleh denaturasi 95oC selama 1 menit, annealing 53oC selama 1 menit, extension 72oC selama 1 menit (35 siklus), dan post-extension 72oC selama 5 menit (1 siklus). Dapat disimpulkan bahwa dPCR dapat digunakan untuk deteksi simultan gen penyandi faktor virulensi ompW dan ctxA V. cholerae.

Downloads

Download data is not yet available.

Author Biographies

Rian Ka Praja, Program Pascasarjana Universitas Udayana
Mahasiswa Magister Ilmu Biomedik
I Dewa Made Sukrama, Fakultas Kedokteran Universitas Udayana
Mikrobiologi Klinik
Ni Nengah Dwi Fatmawati, Fakultas Kedokteran Universitas Udayana
Mikrobiologi Klinik
Wahyu Hidayati, Fakultas Kedokteran Universitas Udayana
Mikrobiologi Klinik
Published
2016-10-30
How to Cite
PRAJA, Rian Ka et al. Optimasi Duplex PCR untuk Deteksi Simultan Gen Penyandi Faktor Virulensi ompW dan ctxA Vibrio cholerae. Indonesia Medicus Veterinus, [S.l.], oct. 2016. ISSN 2477-6637. Available at: <https://ojs.unud.ac.id/index.php/imv/article/view/27253>. Date accessed: 22 june 2021.
Section
Articles

Keywords

Vibrio cholerae, Duplex Polymerase Chain Reaction (dPCR), outer membrane protein W (ompW), cholerae toxin subunit A (ctxA), Boil Cell Extraction (BCE).