ANALYSIS OF GENETIC DIVERSITY OF HYBRID MAIZE (Zea mays L.) VARIETIES USING RAPD (RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA) MARKERS
Abstract
Analisis keragaman genetik sangat penting dalam perakitan tanaman jagung (Zea mays L) hibrida. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis keragaman genetik dari enam varietas jagung menggunakan teknik PCR-RAPD (Polymerase Chain Reaction- Random Amplified Polymorphic DNA). Varietas jagung hibrida yang digunakan dalam penelitian ini adalah varietas jagung Srikandi, Arumba, Mira, Magenta, dan Simba. Varietas jagung lokal yang berasal dari Pulau Rote, Provinsi Nusa Tenggara Timur digunakan sebagai pembanding. Benih ditanam untuk pengamatan karakteristik morfologi dan sampel ekstraksi DNA. DNA diekstraksi dengan metode CTAB dan PCR-RAPD dilakukan menggunakan 3 primer. Ukuran produk PCR ditentukan menggunakan kertas semilog. Keragaman genetik antar varietas dianalisis menggunakan program MVSP (Multi-Variate Statistical Package) dengan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean). Hasil PCR-RAPD memberikan jumlah pita DNA sebanyak 28 dengan ukuran 310 bp hingga 1550 bp bp dan menghasilkan 23 pita polimorfik. Berdasarkan dendrogram yang dihasilkan dari PCR-RAPD, terdapat satu klaster yang terdiri atas varietas Rote, Srikandi, Arumba, Mira, dan Magenta, serta satu klaster lain yang terdiri atas varietas Simba. Varietas lokal Rote dan varietas hibrida Srikandi memiliki jarak genetik terdekat, sementara varietas Simba memiliki jarak genetik terjauh.
Downloads
References
Bahtiar, Azrai, M., Biba, M.A. dan Syakir, M. 2018. Daya Saing Calon Varietas Jagung Hibrida NASA-29 di Jawa Timur. Penelitian Pertanian Tanaman Pangan. 2(1): 35-42.
Direktorat Perbenihan Hortikultura. 2018. Deskripsi Jagung Pulut Manis Varietas Simba. Direktorat Jenderal Hortikultura Kementerian Pertanian Republik Indonesia. Jakarta.
El-Esawi, M. A., Germaine, K., Bourke, P., and Malone, R. 2016. Genetic Diversity and Population Structure of Brassica oleracea Germplasm in Ireland Using SSR Markers. Comptes Redus Biologies. 339(4): 133-140.
Hetharie, H., Raharjo, S. H. T., dan Jambormias, E. 2018. Pengelompokan Klon-Klon Ubi Jalar Berdasarkan Analisis Gerombol, Komponen Utama dan Biplot dari Karakter Morfologi. Jurnal Agronomi Indonesia. 46(3): 276-282.
Lauterboom, D.P. 2020. Uji Heterosis Hibrida F1 dan F1R Hasil Persilangan Dua Jenis Tanaman Jagung (Zea mays L.). Agricola. 10(1): 34-43.
Marchi, N., Mennecier, P., Georges, M., Lafosse, S., Hegay, T., Dorzhu, C., Chichlo, B., Segurel, L., and Heyer, E. 2018. Close Inbreeding and Low Genetic Diversity in Inner Asian Human Populations Despite Geographical Exogamy. Scientific Reports. 8(1): 9397. https://doi.org/10.1038/s41598-018-27047-3.
Moelyohadi, Y. 2019. Respon Pertumbuhan dan Produksi Empat Genotipe Tanaman Jagung Hibrida Terhadap pemberian Pupuk Hayati pada Tingkat Pemupukan Kimia Dosis Rendah. Klorofil. 14(2): 102-110.
Neghab, M.G. and Panahi, B. 2017. Molecular Characterization of Iranian Black Cumin (Nigella sativa L.) Accessions Using RAPD Markers. BioTechnologia: Journal of Biotechnology, Computational Biology and Bionanotechnology. 98(2): 97-102.
Pharmawati, M. 2009. Optimalisasi Ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevillea spp. (Proteaceae). Jurnal Biologi. 13(1): 12-16.
Poedjirahajoe, E., Marsono, D., dan Wardhani, F. K. 2017. Penggunaan Principal Component Analysis dalam Distribusi Spasial Vegetasi Mangrove di Pantai Utara Pemalang. Jurnal Ilmu Kehutanan. 11(1): 29-42.
Rosiana, IW. dan Widhiantara, IG.. 2018. Optimalisasi Produk PCR (Polymerase Chain Reaction) pada Analisa Keragaman Genetik Mikrosatelit Burung Kakatua Kecil Jambul Kuning (Cacatua sulphurea). Jurnal Media Sains. 2(1): 37-42.
Sayekti, U., Widyastuti, U., dan Toruan-Mathius, N. 2015. Keragaman Genetik Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Asal Angola Menggunakan Marka SSR. Jurnal Agronomi Indonesia. 43(2): 140-146.
Sulistyawati, P., dan Widyatmoko, A.Y.P.B.C. 2017. Keragaman Genetik Populasi Kayu Merah (Pterocarpus indicus Willd) Menggunakan Marka Random Amplified Polymorphism DNA. Jurnal Pemuliaan Tanaman Hutan. 11(1): 67-76.
Swandari, T., Setyorini, T., Binawa, I. dan Wirasti, C.A. 2018. Analisis Keragaman Genetik Keturunan F1 Hasil Persilangan Respirok Cabai Razzamataz dan Rawit dengan Penanda RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Prosiding Seminar Instiper. Yogyakarta. 19 September. Hal. 1-8.
Terryana, R.T., Ningrum, N.D.S.A., Nugroho, K., Saptadi, D., Kurniawan, H. dan Lestari, P. 2020. Analisis Keragaman Genetik dan Pengembangan Profil Sidik Jari DNA 20 Varietas Cabai Lokal Indonesia Berdasarkan Marka SSR. Jurnal AgroBiogen. 16(2): 45-58.
Yuwono, P.D., Murti, R.H., Basunanda, P. 2015. Studi Keragaman Genetik Dua Puluh Galus Inbred Jagung Manis Generasi S7. Jurnal Ilmu Pertanian. 18(3): 127-134.
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
