Pengembangan Kontrol Positif Sintetik dan Metode Gradient Reverse Trancriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Gen VP6 Bovine Rotavirus Group A

Abstract

Rotavirus adalah jenis virus yang sering menyebabkan diare. Rotavirus grup A merupakan penyebab utama diare pada sapi. Rotavirus dibedakan menjadi delapan kelompok (A-H) berdasarkan perbedaan antigenik dan keragaman genetik protein VP6. Uji Gradient Reverse Trancriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) bersifat sensitif, spesifik, dan cepat untuk mendeteksi rotavirus grup A dalam sampel feses. Tujuan dari penelitian ini adalah mengembangkan kontrol positif sintetik dan mengoptimasi RT-PCR satu langkah dengan target gen VP6 untuk deteksi rotavirus grup A dari sampel feses. Kontrol positif sintetik bovine rotavirus grup A gen VP6 disintesis dengan gBlocks Gene Fragments. Optimasi menggunakan metode Gradient Reverse Trancriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Hasil penelitian menunjukkan bahwa kontrol positif sintetik dan primer - menghasilkan pita jelas pada 1356 basepairs (bp) pada suhu annealing (56,4; 59,4; 61,6)ºC, sedangkan kontrol positif sintetik dan primer - menghasilkan pita jelas pada 450 bp terutama pada suhu annealing (45; 45,4; 46,4; 48,1; 50,3; 53,1;56,4; 59,4; 61,6)ºC. Selanjutnya, suhu annealing yang menghasilkan pitaoptimal digunakan dalam metode RT-PCR pada sampel penelitian. Hasil RT-PCR dari sampel penelitian menunjukkan 157 sampel negatif terhadap Rotavirus dengan primer Chinsangaram et al., 1993 tetapi satu sampel positif terhadap Rotavirus dengan primer Wang et al., 2019 yang ditandai dengan pita di 450 bp. Berdasarkan hasil penelitian tersebut dapat disimpulkan bahwa pengembangan kontrol positif sintetis dan optimasi RT-PCR untuk deteksi Bovine Rotavirus grup A dengan gen target VP6 dapat digunakan sebagai metode skrining untuk mendeteksi Rotavirus pada sampel lapang.