IDENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI STREPTOCOCCUS YANG BERASOSIASI DENGAN IKAN KERAPU YANG DIPERJUALBELIKAN DI PASAR-PASAR IKAN DI BALI

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi bakteri Streptococcus sp. yang berasosiasi pada ikan Kerapu dengan menggunakan teknik-teknik molekuler Polymerase Chain Reaction (PCR) agar diperoleh identitas definitive bakteri tersebut. Dalam penelitian ini, sekuen 16S RNA marker dari bakteri-bakteri tersebut dijadikan target untuk diamplifikasi dengan metode PCR. Sekuensing produk PCR dilakukan di Berkeley Sequencing Facility, USA. Hasil sekuen nukleotida yang diperoleh selanjutnya di aligned dan di BLAST dengan menggunakan software MEGA 5.0. Hasil penelitian menunjukkan bahwa teridentifikasi sebanyak dua spesies bakteri Streptococcus (sementara diberi nama Streptococcus sp. isolat A dan B). Streptococcus sp. isolat A ditemukan pada semua lokasi pengambilan sampel ikan, sementara itu isolat B hanya ditemukan pada ikan yang diambil dari pasar ikan Karangasem. Berdasarkan nilai Haplotype Diversity (HD) nya, variasi genetik bakteri Streptococcus sp. pada ikan Kerapu tergolong sangat rendah.