IN SILICO DNA PROBE DESIGN FOR MUTATION DETECTION OF QUINOLON RESISTANCE AREA gyrA AND gyrB GENE Mycobacterium tuberculosis

Abstrak

 Fluorokuinolon (FQ) merupakan obat utama yang digunakan pada terapi MDR-TB sehingga resistensi terhadap FQ dapat menyebabkan kematian dan resiko kegagalan terapi pada pasien MDR-TB. Mutasi pada gen gyrA dan gen gyrB dari Mycobacterium tuberculosis bertanggung jawab terhadap terjadinya resistensi FQ. Mutasi region QRDR pada gen gyrA paling tinggi ditemukan pada kodon 94, sedangkan region QRDR pada gen gyrB ditemukan pada kodon 500. Penyakit M. tuberculosis yang resisten terhadap FQ dapat dideteksi menggunakan metode Real Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dengan DNA probe. Penelitian ini akan mendesain urutan nukleotida probe berjenis TaqMan menggunakan program Clone Manager Suite 9.2. Hasil rancangan DNA probe kemudian dianalisis 2 tahap yaitu berdasarkan kriteria probe secara umum dan berdasarkan kriteria pelabelan TaqMan probe. Rancangan DNA probe mutan menggunakan program menghasilkan 1 probe untuk mutasi spesifik Asp94Ala pada gen gyrA dan 33 probe untuk mutasi spesifik Asp500Ala pada gen gyrB. Setelah dianalisis dengan kedua kriteria, didapat probe A94MA1 dengan urutan 5’-TCGATCTACGCCAGCCTGGT-3’ dan probe B500MA12 dengan urutan 5’-TACCACAAGCTCGTGCTGATGGC-3’. Hasil probe tersebut memenuhi kedua kriteria dan dapat digunakan untuk mendeteksi mutasi pada kodon 94 gen gyrA dan kodon 500 gen gyrB Mycobacterium tuberculosis.