Deteksi dan Analisis Filogenetik Staphylococcal Enterotoxin Y Isolat Bakteri Staphylococcus aureus Asal Kambing Peranakan Etawah

Abstract

Staphylococcus aureus diketahui sering menyebabkan radang ambing pada ternak perah dan memproduksi berbagai jenis enterotoksin yang berpotensi sebagai agen penyebab keracunan makanan melalui susu maupun produk olahan susu yang dikonsumsi. Staphylococcal enterotoxin Y (SEY) asal penyakit kulit pada manusia dilaporkan  tahan terhadap uji pemanasan dan menyebabkan muntah pada hewan coba primata yang menunjukkan potensinya sebagai salah satu penyebab keracunan makanan. Pada penelitian ini, deteksi gen sey pada 18 isolat S. aureus asal kambing Peranakan Etawah (PE) dengan teknik PCR, kemudian dilakukan sekuensing gen sey dari isolat S. aureus MR6. Sekuens basa nukleotida ditranslasi menjadi protein menggunakan EMBOSS Transeq (https://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/). Sekuens SEY MR6 selanjutnya dibandingkan dengan database genebank SEY dan enterotoksin lain yang berasal dari isolat S. aureus asal manusia dan sapi menggunakan MultAlin (http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/cgi-bin/multalin.pl). Pohon filogenetik dari protein SEY yang dibandingkan, dibuat menggunakan MEGA Software 5.0. Hasil PCR diketahui 28% isolat, positif gen sey. Analisis SEY_cap dari isolat S. aureus kambing PE diketahui mempunyai persentase protein sekuens homologi sebesar 97,3% terhadap SEY asal isolat sapi perah dan manusia. Diketahui terdapat 6 posisi residu asam amino yang berbeda antar SEY yang diperbandingkan. Analisis filogenetik menunjukkan kedekatan kekerabatan dengan SEY asal manusia, namun masih 1 kluster dengan SEY asal sapi.