Identifikasi dan Keragaman Genetik Longtail Tuna (Thunnus tonggol) Yang Didaratkan di PPI Kedonganan dan PPP Muncar Menggunakan Marka D-loop Mitokondria

Abstrak

Longtail Tuna (Thunnus tonggol) merupakan salah satu spesies tuna neritik yang bersifat oseanodromus dan pola migrasi mengikuti arus perairan. Hingga saat ini, penelitian spesies ini belum banyak dilakukan di Perairan Indonesia sehingga perlu adanya pengkajian identifikasi morfologi dan keragaman genetik. Pendekatan molekuler yang digunakan dalam penelitian ini adalah DNA barcoding menggunakan lokus D – loop mitokondria. Pemahaman hal tersebut dapat menjelaskan arti penting dari pengetahuan informasi genetik suatu spesies dalam stabilitas dan ketahanan populasi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui identifikasi morfologi, filogenetik dan keragaman genetik pada longtail tuna di dua lokasi berbeda yaitu PPI Kedonganan, Bali dan PPP Muncar, Banyuwangi. Analisis molekuler yang dilakukan yaitu tahapan ekstraksi DNA, Polymerase Chain Reaction, elektroforesis dan sekuensing. Berdasarkan hasil sekuensing dan analisis didapatkan 33 sampel longtail tuna. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik dari dua lokasi pengambilan sampel memperlihatkan satu clade dengan nilai jarak genetik antar spesies longtail tuna berkisar 0.000 – 0.042 yang semua sampel memiliki hubungan kekerabatan dekat. Nilai keragaman haplotipe (Hd) longtail tuna sebesar 0.9905 dan keragaman nukleotida (?) sebesar 0.020. Nilai keragaman genetik yang tinggi menunjukkan bahwa kedua populasi longtail tuna memiliki kemampuan bertahan hidup yang tinggi untuk beradaptasi dengan perubahan lingkungan. Analisis indeks fiksasi (F_st) memiliki nilai sebesar 0.0299, p – value > 0.05. Nilai indeks fiksasi menunjukkan bahwa tidak ada perbedaan populasi yang signifikan. Hasil analisis ini dapat digunakan sebagai data dasar dalam perencanaan strategi konservasi genetik dengan upaya pengelolaan perikanan berkelanjutan.