OPTIMASI PCR (Polymerase Chain Reaction) FRAGMEN 724 pb GEN katG MULTI DRUG RESISTANCE TUBERCULOSIS UNTUK MENINGKATKAN PRODUK AMPLIFIKASI

Abstract

Deteksi adanya mutasi pada gen katG MDR-TB (Multi Drug Resistance Tuberculosis) yang bertanggung jawab terhadap resistensi isoniazid (INH) dapat dilakukan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Pada penelitian ini metode PCR digunakan untuk mengamplifikasi fragmen berukuran 724 pb gen katG. Telah dilakukan percobaan pendahuluan, di mana proses PCR berhasil mengamplifikasi fragmen berukuran 724 pb namun masih menghasilkan pita yang sangat tipis yang menunjukkan bahwa proses amplifikasi belum optimal. Oleh sebab itu, penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi proses PCR agar mampu meningkatkan produk amplifikasi sehingga diperoleh pita yang tebal. Produk PCR yang tebal ini cukup memadai untuk proses sekuensing.

Tahap optimasi yang dilakukan dalam  proses PCR meliputi penambahan jumlah templat DNA pada formula PCR, variasi suhu annealing, penambahan waktu annealing dan waktu ekstensi. Hasil optimasi menunjukkan penambahan jumlah templat DNA menjadi 1 µL, suhu annealing 56ºC, waktu annealing 1 menit 20 detik, dan waktu ekstensi 2 menit memberikan amplifikasi terbaik karena menghasilkan pita yang tebal dan tidak terjadi mispriming.