Analisis Marka Gen Patogenik iutA Escherichia Coli Penyebab Colibasilosis pada Ayam Buras

Kadek Satria Adi Marhendra; I Gusti Ngurah Kade Mahardika; I Nengah Kerta Besung; I Gusti Ketut Suarjana

doi:10.24843/bulvet.2021.v13.i01.p10

Kadek Satria Adi Marhendra Mahasiswa Program Profesi Dokter Hewan, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Jl. PB. Sudirman Denpasar, Bali
I Gusti Ngurah Kade Mahardika Laboratorium Virologi Veteriner, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Jl. Raya Sesetan, Gg. Markisa No. 6, Denpasar, Bali;
I Nengah Kerta Besung Laboratorium Mikrobiologi Veteriner Universitas Udayana, Fakultas Kedokteran, Universitas Udayana, Jl. PB. Sudirman Denpasar, Bali.
I Gusti Ketut Suarjana Laboratorium Mikrobiologi Veteriner Universitas Udayana, Fakultas Kedokteran, Universitas Udayana, Jl. PB. Sudirman Denpasar, Bali.

##plugins.pubIds.doi.readerDisplayName## https://doi.org/10.24843/bulvet.2021.v13.i01.p10

Abstrak

Kolibasilosis merupakan penyakit menular pada ayam yang disebabkan oleh Avian Pathogenic Escherichia coli (APEC). Kemampuan APEC untuk menyebabkan penyakit tergantung pada banyak faktor patogen, salah satunya adalah gen patogenik iutA. Penelitian bertujuan untuk mengetahui sekuen DNA gen iutA APEC di Bali serta kekerabatannya dengan gen iutA dari negara lain. Penelitian ini menggunakan dua isolat APEC asal ayam buras di Kabupaten Tabanan dan Badung yang telah dimurnikan dan tersedia di Laboratorium Bakteriologi Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana. DNA isolat diisolasi dengan Chelex 10%. Produk polymerase chain reaction (PCR) disekuensing di First Base Laboratories Malaysia dengan metode Sanger’s dideoxy nucleotide termination. Kedua hasil sekuen gen iutA memiliki homologi 100% dengan panjang 250 bp. Analisis filogenik dengan 58 data gen iutA di Escherichia coli dan bakteri lain di dunia memiliki 43 situs polimorfik pada tingkat asam nukleat dan 13 di tingkat asam amino. Gen iutA asal Bali berada di dalam satu kelompok dengan gen iutA asal Brazilia (KP657535) tahun 2011, Jerman (LT599825) tahun 2016, dan Cina (CP033635) tahun 2016. Gen ini dapat digunakan sebagai marker patogenik APEC di Indonesia.

##plugins.generic.usageStats.downloads##

##plugins.generic.usageStats.noStats##

Referensi

Abalaka SE, Sani NA, Idoko IS, Tenuche OZ, Oyelowo FO, Ejeh SA, Enem SI. 2017 Pathological changes associated with an outbreak of colibacillosis in a commercial broiler flock. Sokoto J. Vet. Sci. 15(3): 95-102.
Barus DO, Gelgel KTP, Suarjana IGK. 2013. Uji kepekaan bakteri escherichia coli asal ayam pedaging terhadap antibiotik doksisiklin, gentamisin, dan tiamfenikol. Indonesia Medicus Veterinus. 2(5): 538-545.
Brown TA. 1992. Genetics: Molecular Approach, Second Edition. Chapman & Hall, London.
Boe L, Danielsen M, Knudsena S, Petersen JB, Maymann J, Jensen PR. 2000. The frequency of mutators in populations of Escherichia coli. Mutation Res. Fund. Mol. Mechanisms Mutagenesis. 448(1): 47–55.
Guabiraba R, Schouler C. 2015. Avian colibacillosis: still many black holes. FEMS Microbiol. Letters. 362(12): 1-8.
Handoyo D, Rudiretna A. 2000. Prinsip umum dan pelaksanaan polymerase chain reaction (PCR). Unitas, 9(1):17-29
Johnson TJ, Siek KE, Johnson SJ, Nolan LK. 2006. DNA sequence of a coiv plasmid and prevalence of selected plasmid-encoded virulence genes among avian escherichia coli strains. J. Bacteriol. 188(2): 745-758.
Johnson TJ, Wannemuehler Y, Doetkott C, Johnson SJ, Rosenberg SC, Nolan LK. 2008. Identification of minumal predictors of avian pathogenic escherichia coli virulence for use as a rapid diagnostic tool. J. Clin. Microbiol. 46(12): 3987-3996.
Kabir SML. 2010. Avian colibacillosis and salmonellosis: a closer look at epidemiology, pathogenesis, diagnosis, control and public health concerns. Int. J. Environ. Res. Pub. Health. 7(1): 89-114.
Kibota TT, Lynch M. 1996. Estimate of the genomic mutation rate deleterious to overall fitness in E. coli. Nature. 381(6594): 694–696.
Landman WJMM, van Eck JHH. 2016. The incidence and economic impact of the Escherichia coli peritonitis syndrome in Dutch poultry farming. Avian Pathol. 44(5): 370-378.
Lau GL, Sieo CC, Tan WS, Ho YW. 2012. Characteristic of phage effective for colibacillosis control in poultry. J. Sci. Food Agric. 92(13): 57-63.
Luhung YGA, Suarjana IGK, Gelgel KTP. 2017. Sensitivitas isolat escherichia coli patogen dari organ ayam pedagng terinfeksi koliseptisemia terhadap oksitetrasiklin, ampisilin dan sulfametoksazol. Buletin Veteriner Udayana. 9(1): 60-66.
Lynne AM, Kariyawasam S, Wannemuehler Y, Johnson TJ, Johnson SJ, Sinha AS, Lynner DK, Moon HW, Jordan DM, Logue CM, Foley SL, Nolan LK. 2012. Recombinant iss as a potential vaccine for avian colibacillosis. Avian Dis. 56(1): 192-199.
Rodriguez-Siek KE, Giddings CW, Doetkott C, Johnson TJ, Nolan LK. 2005. Characterizing the APEC pathotype. Vet. Res. 36(2): 241–256.
Schouler C, Schaeffer B, Brée A, Mora A, Dahbi G, Biet F. 2012. Diagnostic strategy for identifying avian pathogenic escherichia coli based on four patterns of virulence genes. J. Clin. Microbiol. 50(5): 1673–1678.
Tabrah FL. 2011. Koch’s postulates, carnivorous cows, and tuberculosis today. Hawai‘i Med. J. 70(7): 144-148.
Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S. 2011. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol. Biol. Evol. 28(10): 2731-2739.
Tarmudji. 2003. Kolibasiolosis pada ayam: etiologi, patologi dan pengendaliannya. Wartazoa 13(2):65-73.
Uotani Y, Kitahara R, Imai T, Tsutsumi N, Sasakawa C, Nagai S, Nagano T. 2017. Efficacy of an avian colibacillosis live vaccine for layer breeder in Japan. J. Vet. Med. Sci. 79(7): 1215–1219.
Walsh SP, Metzger DA, Higuchi R. 1991. Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material. Biotechniques. 10(4): 506-513.
Wang J, Tang P, Tan D, Wang L, Zhang S, Qiu Y, Dong R, Liu W, Huang J, Chen T, Ren J, Lil C, Liu H. 2015. The pathogenicity of chicken pathogenic escherichia coli is associated with the numbers and combination patterns of virulence-associated genes. J. Vet. Med. 5: 243-254.
Whittam TS, Wilson RA. 1988. Genetic relationships among pathogenic strains of avian Escherichia coli. Infect. Immun. 56(9): 2458–2466.

Analisis Marka Gen Patogenik iutA Escherichia Coli Penyebab Colibasilosis pada Ayam Buras

Abstrak

##plugins.generic.usageStats.downloads##

Referensi

##plugins.generic.recommendByAuthor.heading##