Optimasi PCR (Polymerase Chain Reaction) dan Identifikasi Ikan Hiu Muda (Juvenile) dengan Metode DNA Barcoding
Abstract
Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan amplifikasi DNA secara in-vitro yang digunakan untuk identifikasi hewan, tumbuhan maupun mikroorganisme dengan DNA barcoding. Identifikasi secara molekular menggunakan metode berbasis PCR perlu dilakukan pada ikan hiu muda (juvenile) karena belum terlihatnya karakter kunci untuk identifikasi ke tingkat spesies sehingga identifikasi berbasis morfologi sangat sulit dilakukan. Selain itu, kondisi demikian juga tidak mendukung kelestarian ikan hiu, karena dalam fase ini hiu belum memiliki kesempatan memijah sekali dalam siklus hidupnya. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan kondisi optimal untuk amplifikasi DNA dan mengidentifikasi ikan hiu muda (juvenile) menggunakan metode DNA Barcoding. Amplifikasi dilakukan pada lokus cytochrome oxidase subunit I (COI) dengan modifikasi temperatur suhu pada tahap annealing. Hasil penelitian menunjukkan modifikasi amplifikasi dapat dilakukan dengan penggantian temperatur suhu annealing. Hasil PCR terbaik diperoleh pada suhu annealing 55oC. Hasil identifikasi ikan hiu muda (juvenile) yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Pantai (PPP) Muncar dengan metode DNA Barcoding pada gen COI adalah Prionace glauca.
Downloads
Authors who publish with this journal agree to the following terms:
- All articles published by Bumi Lestari Journal of Environment and Environmental Reseach Center Udayana University are made available under an open access license worldwide immediately. This means everyone has free and unlimited access to the full-text of all articles published in Bumi Lestari Journal of Environment, and everyone is free to re-use the published material given proper accreditation/citation of the original publication. Open access publication is supported by authors' institutes or research funding agency by payment of a comparatively article processing charge for accepted articles (See Author Fees). Bumi Lestari Journal of Environment and Environmental Reseach Center Udayana University publish articles under the Creative Commons Attribution License.
- Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.
- Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).
