EFEKTIVITAS MINI PRIMER SET STR CODIS [FGA, CSF1PO & D21S11] DALAM DEGRADASI DNA EFEK PAPARAN SUHU TINGGI
Abstract
Identifikasi forensik dengan pemeriksaan DNA yang dapat digunakan untuk menentukan asal usul anak; kasus paternitas; hubungan kekeluargaan; maupun identifikasi korban tak dikenal, semakin hari semakin diakui keberadaannya dalam menunjang penegakan hukum di tanah air. Hanya saja dalam perkembangannya pemeriksaan dengan menggunakan bahan DNA ini bukannya tanpa persoalan. Salah satu persoalan yang seringkali menjadi masalah yang serius bagi ahli DNA forensik maupun ahli DNA lainnya adalah kondisi DNA yang tergedradasi atau yang dikenal dengan istilah degraded DNA. Salah satu alternatif yang ditempuh dalam degradasi DNA saat ini oleh ahli DNA forensik adalah melalui penggunaan mini primer set, yakni melalui metode pengurangan ukuran STR assays, pada pemeriksaan lokus DNA inti. Penelitian ini menggunakan mini primer CSF1PO, FGA & D21S11 pada bahan gigi molar dengan perlakuan paparan 5000C dalam waktu 20 dan 30 menit serta suhu 7500C dalam waktu 20 dan 30 menit.
Hasil yang didapatkan terjadi penurunan kadar DNA gigi yang bermankna (p<0.05) sebagai efek paparan suhu tinggi. Visualisasi hasil PCR didapatkan hanya lokus CSF1PO yang masih terdeteksi dengan mini primer pada paparan suhu 7500C selama 30 menit (paparan maksimal penelitian ini) sehingga melalui lokus tersebut sangat potensial dalam pemeriksaan identifikasi melalui analisis DNA terutama dalam kondisi terdegradasi efek paparan suhu tinggi, serta mempercepat proses identifikasi terutama pada kejadian bencana (mass disaster) maupun kasus-kasus kriminal lainnya.
Downloads
References
[2] B. Budowle, F.R. Bieber, 2005. Forensic aspects of mass disasters: strategic considerations for DNA-based human identification, Legal Med. (Tokyo) 7 230–243.
[3] C L Wickham,M Boyce et al 2000. Amplification of PCR products in excess of 600 base pairs using DNA extracted from decalcified, paraffin wax embedded bone marrow trephine biopsies J Clin Pathol: Mol Pathol;53:19–23
[4] Edward M. Golenberg, Ann Bickel and Paul Weihs, 1996.Effect of highly fragmented DNA on PCR, Nucleic Acids Research, Vol. 24, No. 24
[5] Gill, P., J. Whitaker. 2010. An investigation of the rigor of interpretation rules for STRs derived from less than 100 pg of DNA. For. Sci. Int. 112:17–40.
[6] Gill P., D.J. Werrett, et al 2014. An assessment of whether SNPs will replace STRs in national DNA databases—joint considerations of the DNA working group of the European Network of Forensic Science Institutes (ENFSI) and the Scientific Working group on DNA Analysis Methods (SWGDAM), Sci. Just 44 51–53.
[7] Hofreiter, M., Serre, D.. 2001, Ancient DNA. Nat. Rev. Gen. 2, 353–359.
[8] Joachim Burger, Susanne Hummel, Bernd Herrmann, Winfried Henke, 1999. DNA preservation: A microsatellite-DNA study on ancient skeletal remains, Electrophoresis, 20, 1722- 728
[9] John M. Butler; Yin Shen; and Bruce R. McCord, 2004. The Development of Reduced Size STR Amplicons as Tools for Analysis of Degraded DNA, National Institute of Standards and Technology
[10] Kusuma SE, Sosiawan A, 2004, Efek temperature ekstrim pada DNA inti dan DNA mitokondria, Penelitian pendahuluan, LPPM UNAIR.
[11] L.A. Dixon, A.E. Dobbins, H.K. et al. Gill, 2005.Analysis of artificially degraded DNA using STRs and SNPs—results of a collaborative European (EDNAP) exercise; Forensic Science International xxx (2005) xxx–xxx
[12] Muladno, 2002. Seputar teknologi rekayasa genetika, Bogor: Pustaka Wirausaha Muda, Edisi pertama.
[13] Paabo, S.1989. Ancient DNA: Extraction, characterization, molecular cloning, and enzymatic amplification. Proc. Natl. Acad. Sci. 86, 1939–1943.
