Efisiensi Penggunaan Enzim Taq Polymerase pada Pengujian Polymerase Chain Reaction

Luh Dewi Anggreni; Ni Made Ritha Krisna Dewi; Ni Putu Sutrisna Dewi; I Gusti Ngurah Kade Mahardika

doi:10.24843/bulvet.2023.v15.i05.p10

Luh Dewi Anggreni Laboratorium Diagnosa Klinik, Patologi Klinik dan Radiologi Veteriner Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Jl. Raya Sesetan, Gg. Markisa No. 6 Denpasar Selatan, Denpasar, Bali, Indonesia
Ni Made Ritha Krisna Dewi Laboratorium Biomedik dan Biologi Molekuler Hewan, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Jl. Raya Sesetan, Gg. Markisa No. 6 Denpasar Selatan, Denpasar, Bali, Indonesia
Ni Putu Sutrisna Dewi Laboratorium Biomedik dan Biologi Molekuler Hewan, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Jl. Raya Sesetan, Gg. Markisa No. 6 Denpasar Selatan, Denpasar, Bali, Indonesia
I Gusti Ngurah Kade Mahardika Laboratorium Biomedik dan Biologi Molekuler Hewan, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Jl. Raya Sesetan, Gg. Markisa No. 6 Denpasar Selatan, Denpasar, Bali, Indonesia

##plugins.pubIds.doi.readerDisplayName## https://doi.org/10.24843/bulvet.2023.v15.i05.p10

Abstrak

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan uji diagnostik yang sangat sensitif. Enzim Taq Polymerase merupakan salah satu komponen paling penting dalam pengujian Polymerase Chain Reaction (PCR). Enzim taq polymerase merupakan komponen yang harganya paling mahal. Penggunaan taq polymerase pada uji PCR kurang efisien. Untuk mengetahui efisiensi penggunaan enzim Taq Polymerase dan pada volume terkecil berapa masih dapat digunakan dalam metode pengujian PCR, maka dilakukanlah penelitian dengan membuat volume PCR lebih kecil (5µl, 10 µl, dan 25 µl) dari standard (50 µl). Tiga isolat swab hidung dan anus anjing terinfeksi Parvovirus diekstraksi menggunakan Kit DNA Purifikasi. Hasil ekstraksi dijadikan DNA Template pada pengujian PCR. Amplifikasi menggunakan mesin PCR Apply Biosistem Thermal Cycler. Visualisasi produk amplifikasi menggunakan elektroforesis gel agarose 1%. Hasil pengujian menunjukan bahwa volume PCR lebih kecil dari standard mampu memvisualisasikan produk PCR dengan baik. Pada PCR volume 5µl, tidak semua sampel teramplifikasi dengan baik. Sampel 1 dan 3 menunjukkan band tebal pada posisi sama dengan kontrol positif. Sedangkan sampel 2 tidak menunjukkan adanya band. Pada volume PCR (10µl, 25 µl dan 50µl) semua sampel teramplifikasi dengan baik. Sampel 1 dan 3 menunjukkan band tebal pada posisi sama dengan kontrol positif. Amplifikasi sampel 1 dan 3, gen memiliki panjang nukleotida 910bp (sesuai oligonukleotida), sedangkan sampel 2 juga menunjukkan adanya band tetapi posisinya lebih rendah dan tipis dari sampel 1, 3 dan kontrol positif. Adanya perbedaan tebal tipisnya band yang teramplifikasi disebabkan oleh perbedaan konsentrasi DNA hasil ekstraksi. Perbedaan tinggi band yang teramplifikasi pada sampel 2, berarti bahwa gen yang teramplifikasi bukan gen spesifik parvo. Simpulan penelitian ini adalah pada volume pengujian PCR dengan volume yang lebih kecil dari standard mampu memvisualisasikan gen DNA virus parvo dengan baik. Untuk mengefisienkan penggunaan enzim taq polymerase pada pengujian PCR, volume PCR 10µl dapat direkomendasikan sebagai protokol pengujian PCR untuk DNA Virus Parvo.

##plugins.generic.usageStats.downloads##

##plugins.generic.usageStats.noStats##

Referensi

Ardhana P. 2011. Unjuk kerja aplikasi sistem pendinginan pada alat elektroforesis termoelektrik. Skripsi. Departemen Teknik Mesin Fakultas Teknik Universitas Indonesia, Depok.
Ausubel FM, Brent R, Kingston RE, Moore DD, Seidman JG, Smith JA, Struhl K. 2003. Current protocols in molecular biology. Unites States of America: John Willey and sons. Pp. 75-77, 82-83.
Azizah A. 2009. Perbandingan pola pita amplifikasi dna daun, bunga kelapa sawit normal dan abnormal. Institut Pertanian Bogor. Bogor.
Buonavoglia C, Martella V, Pratelli A, Tempesta M, Cavalli A, Buonoglia D, Bozzo G, Elia G, Decaro N, Charmichael L. 2001. Vidence for evolution of canin parvovirus type 2 in Italy. J. General Virol. 82: 3021-3025.
Goddard A, Leisewitz AL. 2010. Canine parvovirus. Vet. Clin. North Am. Small Anim. Pract. 40: 1041-1053.
Handoyono D, Rudiretna A. 2001. Prinsip umum dan pelaksanaan polymerase chain reaction (PCR). Unitas. 9(1): 17-29.
Hutapea H, Debbie R, Rahman EG, Rostinawati T. 2015. Teknik long polymerase polymerase chain reaction (LPCR) untuk perbanyakan kerangka baca terbuka gen pengkode polimerase virus Hepatitis B. J. Plasma. 1(2): 45-52.
Lin CN, Chien CH, Chiou MT, Chueh LL, Hung MY, Hsu HS. 2014. Genetic characterization of type 2a canine parvoviruses from Taiwan reveals the emergence of an Ile324 mutation in VP2. Virol. J. 11(1): 39.
Prittie J. 2004. Canine parvovirus enteritis: A review of diagnosis, managemet and prevention. J. Vet. Emerg. Crit. Care. 14: 167-176.
Satriya P, Wirajana N, Suarsa W. 2016. Amplifikasi fragmen gen 18rRNA pada DNA metagenomik madu dengan teknik PCR. Indon. J. Legal Forensic Sci. 2(3): 45-47.
Sendow I. 2006. Canine parvo virus pada anjing. Balai Penelitian Veteriner, PO Box 151, Bogor 16114.
Seow VL, Bahaman AR. 2012. Discriminatory power of agarose gel electrophoresis in DNA fragments analysis. In: Magdeldin S. Gel Electrophoresis – Principles and Basics. In Tech. Croatia. Pp. 41-56.
Tri J, Nanda K, Sedyo H. 2011. Optimasi metode PCR untuk deteksi pectobacterium carotovorum penyebab penyakit busuk lunak anggrek. J. Perlindungan Tanaman Indon. 17(2): 54–59.
Wicaksono BD, Yohana AH, Enos T, Irawan W, Dina Y, Aldrin N, Ferry S. 2009. Antiproliferative effect of the methanol extract of Piper crocatum ruiz & pav leaves on human breast (T47D) cells In- vitro. Trop. J. Pharm. Res. 8: 345-352.
Yusuf Zuhriana K. 2010. Polymerase Chain Reaction (PCR). J. Saintek. 5(6): 1-6.