Analisis Marka Gen Patogenik hlyF pada Escherichia coli Penyebab Kolibasilosis pada Ayam Buras

I Gede Eka Chandrawan; Gusti Ngurah Kade Mahardika; I Nengah Kerta Besung; I Gusti Ketut Suarjana

doi:10.24843/bulvet.2022.v14.i03.p16

I Gede Eka Chandrawan Mahasiswa Program Profesi Dokter Hewan, Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Jl. PB. Sudirman, Denpasar, Bali
Gusti Ngurah Kade Mahardika Laboratorium Virologi Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Jl. PB. Sudirman, Denpasar, Bali
I Nengah Kerta Besung Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Jl. PB. Sudirman, Denpasar, Bali
I Gusti Ketut Suarjana Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana, Jl. PB. Sudirman, Denpasar, Bali

##plugins.pubIds.doi.readerDisplayName## https://doi.org/10.24843/bulvet.2022.v14.i03.p16

Abstrak

Kolibasilosis merupakan penyakit bakteri pada unggas yang disebabkan oleh Avian Pathogenic Escherchia coli (APEC) Kemampuan APEC untuk menyebabkan penyakit tergantung pada faktor virulensi, salah satunya adalah gen patogenik hlyF yang ada dalam plasmid. Penelitian bertujuan untuk membuktikan keberadaan gen hlyF APEC di Bali dan mengetahui sekuen DNA dari gen hlyF tersebut serta kekerabatannya dengan gen hlyF dari negara lain. Penelitian ini menggunakan dua isolat APEC asal ayam buras di Kabupaten Tabanan dan Badung yang telah dimurnikan. Dalam penelitian ini, gen hlyF berhasil diamplifikasi dengan Panjang sekitar 600 bp. Kedua hasil sekuen gen hlyF yang dapat dibaca dengan baik memiliki homologi 100% dengan panjang 518 bp. Analisis filogenik dengan 25 data gen hlyF pada Escherichia coli dan bakteri lain di dunia menggunakan metode UPGMA dengan bootstrap (500 pengulangan). Seluruh data memiliki enam situs polimorfik pada tingkat asam nukleat dan dua tingkat asam amino. Gen hlyF asal Bali berada didalam satu kelompok dengan gen hlyF isolat E. coli dari berbagai negara di dunia. Gen ini dapat digunakan sebagai marker patogenik APEC di Indonesia.

##plugins.generic.usageStats.downloads##

##plugins.generic.usageStats.noStats##

Referensi

Abalaka SE, Sani NA, Idoko IS, Tenuche OZ, Oyelowo FO, Ejeh SA, Enem SI. 2017. Pathological changes associated with an outbreak of colibacillosis in a commercial broiler flock. Sokoto J. Vet. Sci. 15(3): 95-102.
Barus DO, Gelgel KTP, Suarjana IGK. 2013. Uji kepekaan bakteri escherichia coli asal ayam pedaging terhadap antibiotik doksisiklin, gentamisin, dan tiamfenikol. Indon. Med. Vet. 2(5): 538-545.
De Carli S, Ikuta N, Lehmann FK, da Silveira VP, de Melo PG, Fonseca AS, Lunge VR. 2015. Virulence gene content in Escherichia coli isolates from poultry flocks with clinical signs of colibacillosis in Brazil. Poult. Sci. 94(11): 2635-2640.
Fricke WF, McDermott PF, Mammel MK, Zhao S, Johnson TJ, Rasko DA, Fedorka-Cray PJ, Pedroso A, Whichard JM, LeClerc JE, White DG, Cebula TA, Ravel J. 2009. Antimicrobial resistance-conferring plasmids with similarity to virulence plasmids from avian pathogenic escherichia coli strains in salmonella enterica serovar kentucky isolates from poultry. Appl. Environ. Microbiol. 75(18): 5963-5971.
Gunawan TR. 2019. Analisis gen patogenik iron pada escherichia coli penyebab kolibasilosis pada ayam buras. Skripsi. Denpasar: Universitas Udayana.
Jeong YW, Kim TE, Kim JH, Kwon HJ. 2012. Pathotyping avian pathogenic Escherichia coli strains in Korea. J. Vet. Sci. 13(2): 145-152.
Johnson TJ, Siek KE, Johnson SJ, Nolan LK. 2006. DNA Sequence of a CoIV plasmid and prevalence of selected plasmid-encoded virulence genes among avian Escherichia coli Strains. J. Bacteriol. 188(2): 745-758.
Johnson T J, Wannemuehler Y, Doetkott C, Johnson SJ, Rosenberger SC, Nolan LK. 2008. Identiﬁcation of minimal predictors of avian pathogenic escherichia coli virulence for use as a rapid diagnostic tool. J. Clin. Microbiol. 46(12): 3987-3996.
Johnson TJ, Thorsness JL, Anderson CP, Lynne AM, Foley SL, Han J, Fricke WF, McDermott PF, White DG, Khatri M, Stell AL, Flores C, Singer RS. 2010. Horizontal gene transfer of a ColV plasmid has resulted in a dominant avian clonal type of Salmonella enterica serovar kentucky. PLoS One 5(12): e15524.
Lynne AM, Kariyawasam S, Wannemuehler Y, Johnson TJ, Johnson SJ, Sinha AS, Lynner DK, Moon HW, Jordan DM, Logue CM, Foley SL, Nolan LK. 2012. Recombinant Iss as a Potential Vaccine for Avian Colibacillosis. Avian Dis. 56(2012): 192-199.
Marhendra KSA. 2019. Analisis Marka Gen Patogenik iutA pada Escherichia coli Penyebab Kolibasilosis pada Ayam Buras. Skripsi. Denpasar: Universitas Udayana.
Murase K, Martin P, Porcheron G, Houle S, Helloin E, Pénary M, Nougayrède JP, Dozois CM, Hayashi T, Oswald E. 2016. HlyF Produced by extraintestinal pathogenic Escherichia coli is a virulence factor that regulates outer membrane vesicle biogenesis. J. Infect. Dis. 213: 856-865.
Subedi M, Luitel H, Devkota B, Bhattarai RK, Phuyal S, Panthi P, Shrestha A, Chaudhary DK. 2018. Antibiotic resistance pattern and virulence genes content in avian pathogenic Escherichia coli (APEC) from broiler chickens in Chitwan, Nepal. BMC Vet. Res. 14(113): 1-6.
Tarmudji. 2003. Kolibasiolosis pada ayam: etiologi, patologi dan pengendaliannya. Wartazoa. 13(2): 65-73.
Tarmudji. 2005. Asites pada ayam pedaging. Wartazoa. 15(1): 38-48.
Walsh SP, Metzger DA, Higuchi R. 1991. Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material. Biotechniques 10(4): 506-513.
Whittam TS, Wilson RA. 1988. Genetic relationships among pathogenic strains of avian Escherichia coli. Infect. Immune. 56(9): 2458–246.