Optimasi digesti enzim restriksi untuk deteksi mutasi daerah D-loop DNA mitokondria dengan metode PCR-RFLP
Abstract
Metode PCR-RFLP merupakan salah satu metode untuk deteksi mutasi pada daerah D-loop DNA mitokondria. Metode ini menggunakan enzim restriksi untuk dapat memotong DNA mitokondria dan menghasilkan ukuran fragmen DNA yang berbeda-beda. Enzim restriksi memerlukan kondisi yang optimal untuk melakukan pemotongan DNA. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kondisi optimal enzim restriksi agar dapat melakukan digesti pada daerah D-loop DNA mitokondria. Optimasi dilakukan dengan membuat dua kombinasi formula digesti (formula 1 dan 2) dan empat macam waktu digesti (2 jam, 4 jam, 6 jam dan overnight). Hasil penelitian menunjukkan optimasi dari lima macam enzim restriksi (HaeIII (BsuRI), HindIII, HinfI, MboI dan HpyP31 (DdeI)) didapatkan bahwa ada perbedaan formula dan waktu digesti tergantung dari jenis enzim. Enzim HaeIII(BsuRI), HinfI dan MboI menunjukkan formula 2 merupakan formula optimal, sedangkan enzim HpyP31 (DdeI) formula 1 merupakan formula yang optimal. Waktu digesti 2 jam menunjukkan hasil optimal pada Enzim HaeIII(BsuRI), MboI dan HpyP31 (DdeI), sedangkan enzim HinfI waktu digesti optimal adalah 4 jam. Enzim HindIII tidak mendapatkan hasil potongan fragmen DNA setelah digesti, maka enzim HindIII tidak memiliki situs pemotongan pada daerah D-loop DNA mitokondria.
Downloads
References
Bandelt Hans-J, Anita KB, Martin BR. 2013. The case for the continuing use of the revised Cambridge Reference Sequence (rCRS) and the standardization of notation in human mitochondrial DNA Studies. Journal of Human Genetics 59: 66-77.
Candramila W. 2002. Variasi Genetik Populasi Betawi Berdasarkan Polimorfisme DNA Mitokondrion. Tesis, Bogor, Institut Pertanian Bogor
Doosti A, Payam GD. 2011. Genetic Polymorphisms of Mitochondrial Genome D-loop Region in Bakhtiarian Population by PCR-RFLP. International Journal of Biology 3(4): 4-46.
Fazri HM, Royani JI, Dasumiati. 2015. Isolation and amplification of Keladi tikus (Thyponium flagelliform) DNA for identification of genetic variation. Jurnal Bioteknologi, Teknologi dan Sains Indonesia 2(2):42-48.
Gerstein AS. 2001. Molecular Biology Problem Solver: A Laboratory Guide. Wiley-Liss, Inc
Hofmanová Z, Kreutzer S, Hellenthal G, Sell C, Diekmann Y, Díez-Del-Molino D, van Dorp L, López S, Kousathanas A, Link V, Kirsanow K, Cassidy LM, Martiniano R, Strobel M, Scheu A, Kotsakis K, Halstead P, Triantaphyllou S, Kyparissi-Apostolika N, Urem-Kotsou D, Ziota C, Adaktylou F, Gopalan S, Bobo DM, Winkelbach L, Blöcher J, Unterländer M, Leuenberger C, Çilingiroğlu Ç, Horejs B, Gerritsen F, Shennan SJ, Bradley DG, Currat M, Veeramah KR, Wegmann D, Thomas MG, Papageorgopoulou C, Burger J. 2016. Early farmers from across Europe directly descended from Neolithic Aegeans. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 113(25): 6886–91.
Junitha IK. 2015. Analisis DNA dalam Forensik dan Potensinya untuk Penelusuran Kawitan. Materi Ceramah Maha Semaya Warga Pande Kabupaten Gianyar. Gianyar
Junitha IK, Pharmawati M, Rosiana W. 2012. Genetic Diversity of Soroh Celagi (Pasek Catur Sanak Clan) Basedon Y-chromosomal Microsatellites DNA. The 4th International Conferences on Biosciences and Biotechnology. The 4th International Conferences on Biosciences and Biotechnology Proceeding: Denpasar, 239–243
Kusumawati D. 2011. Enzim Restriksi. Modul Praktikum Biologi Molekul. UPI. Available from: http://www.enzim_restriksi.pdf.
Luftig M, Richey S, Ntroduction I. 2001. DNA and Forensic Science. Corpus ID: 1796608
Mastura. 2007. Haplogrup mtDNA Manusia atas Dasar RFLP dan Posisi Mutasi Urutan Nukleotida lengkap. Tesis. Institut Teknologi Bandung
Moore JM, Isenberg AR. 1999. Mitochondrial DNA Analysis at the FBI Laboratory. Forensic Science Communications 1(2) https://archives.fbi.gov/archives/about-us/lab/forensic-science-communications/fsc/july1999/dnalist.htm
Putri IARDN, Yowani SC, Wirajana IN. 2017. Optimasi Digesti Enzim Restriksi Sac II pada Isolat tuberculosis H37Rv untuk Deteksi Mutasi Promoter inhA pada Kasus MDR-TB dengn metode-RFLP. Metamorfosa: Journal of Biological Sciences 4(1): 87-93.
Siti HH, Gun Gumilar G, Natalia D, Saifuddin Noer A. 2013. Variasi Urutan nukleotida Daerah D-Loop DNA Mitokondria Manusia pada Dua Populasi Asli Indonesia Tenggara. Program Studi Kimia, FMIPA, Universitas Pendidikan Indonesia
Yudianto A. 2020. Buku Referensi Pemeriksaan Forensik DNA Tulang dan Gigi. Sintesa Book. Yogyakarta.
