Karakter morfologis dan molekuler udang regang (Macrobrachium sintangense De Man, 1898) dari Daerah Istimewa Yogyakarta
Abstrak
Genus Macrobrachium memiliki anggota spesies yang banyak dan terdistribusi di berbagai negara diantaranya Indonesia, Malaysia, Thailand, Laos dan Vietnam. Salah satu spesies anggota genus Macrobarachium yang dapat ditemukan di Indonesia adalah Macrobrachium sintangense atau lebih dikenal sebagai udang regang. Identifikasi terhadap spesies ini penting dilakukan sebagai upaya untuk memperluas kajian mengenai udang regang di Daerah Istimewa Yogyakarta. Identifikasi terhadap spesies ini dilakukan secara morfologis maupun molekuler dengan gen 16S. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui karakter morfologis dan molekuler dari M. sintangense. Identifikasi morfologis dilakukan dengan mengidentifikasi karakter morfologi, morfometri, dan meristik sesuai kunci identifikasi. Analisis secara molekuler dilakukan dengan isolasi, amplifikasi, elektroforesis, dan visualisasi DNA dengan UV iluminator, DNA di sekuensing oleh 1st Base. Hasil penelitian ini menunjukkan karakter morfologis berupa rostrum sedikit melengkung ke atas atau seperti pisau, post antennular carapace yang membulat, preanal carina tidak ada, terdapat pubescene pada setengah proksimal hingga dua per tiga chela. Secara morfologis semua sampel teridentifikasi sebagai anggota genus Macrobrachium. Ada delapan (8) spesimen dapat di identifikasi sampai tingkat spesies, sebagai M. sintangense. Hasil identifikasi dua (2) spesimen secara molekuler menunjukkan nilai similaritas tinggi dan hubungan kekerabatan yang dekat terhadap M. sintangense dari sampel GenBank serta hubungan kekerabatan yang dekat dengan M. sintangense dari Tukad Panti, Bali, Indonesia. Kesimpulan pada penelitian ini secara morfologis dan molekuler adalah sampel yang ditemukan pada sungai Winongo, Tambakbayan, Code dan Opak di DIY adalah M. sintangense.
##plugins.generic.usageStats.downloads##
Referensi
Chace FA, Bruce AJ. 1993. The Caridean Shrimps (Crustacea: Decapoda) of the Albatross Philippine Expedition, 1907-1910, Part 6: Superfamily Palaemonoidea. Washington D. C.: Smithsonian Institution Press, pp. 20-22.
Chen J, Wu Y, Yang H, Bergelson J, Kreitman M, Tian D. 2009. Variation in the ratio of nucleotide substitution and indel rates across genomes in mammals and bacteria. Molecular Biology and Evolution 26(7): 1523–1531
De Jong MA, Wahlberg N, van Eijk M, Brakefield PM, Zwaan BJ. 2011. Mitochondrial DNA signature for range-wide populations of Bicyclus anynana suggests a rapid expansion from recent refugia. PloSONE 6(6): 1–5.
Fassler J, Cooper P. 2011. Blast Glossary. US. National Center for Biotechnology Information.P : 8
Hadiprata NLMIYS, Putra IMBAPA, Mahardika IGNK, Wandia IN, Nindhia TS. 2015. Identifikasi Spesies Ikan Kerapu di Pasar Ikan Karangasem dan Kedonganan Bali Menggunakan DNA Mitokondria Gen 16s rRNA. Jurnal Veteriner 16(3): 423-431
Holthuis LB. 1950. Preliminary descriptions of twelve new spesies of palaemonid prawns from american waters (Crustacea Decapoda). Proceedings Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen 53: 93-99.
Jose D, Nidhin B, Kumar KPA, Pradeep PJ, Harikrishnan M. 2015. A molecular approach towards the taxonomy of fresh water prawns Macrobrachium striatum and M. equidens (Decapoda, Palaemonidae) using mitochondrial markers. Mitochondrial DNA. 1-9. DOI: 10.3109/19401736.2015. 1041114
Lyons DM, Lauring AS. 2017. Evidence for the selective basis of transitionto-transversion substitution bias in two RNA viruses. Molecular Biology and Evolution 34(12): 3205–3215.
Munasinghe DHN, Thushari GGN. 2010. Analysis of morphological variation of four populations of Macrobrachium rosenbergii (de Man, 1879) (Crustacea: Decapoda) in Sri Lanka. Cey. J. Sci. (Bio. Sci.) 39 (1): 53-60.
Nei M, Li W. 1979. Mathematical Model for Studying Genetic Variation in Terms of Restriction Endonucleases. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 76(10): 5269–5273.
Page TJ, Hughes JM. 2011. Neither molecular nor morphological data have all the answers; with an example from Macrobrachium (Decapoda: Palaemonidae) from Australia. Zootaxa 2874: 65-68
Putranto TWC, Andriani R, Munawwaroh A, Irawan B, Soegianto A. 2014. Effect of cadmium on survival, osmoregulation and gill structure of the Sunda prawn, Macrobrachium sintangense (de Man), at different salinities. Marine and Freshwater Behaviour and Physiolog. 47(5): 349-360
Sharma C, Krishna G, Kumar AP, Nayak SK. 2014. Phylogeny of Macrobrachium spesies using mitochondrial rRNA ribosomal DNA. Cell Tissue Res. 14(3): 4525- 4529.
Wowor D, Cai Y, Ng PKL. 2004. Crustacea: Decapoda, Caridea. In: Yule, C.M., Sen, Y.H. (Eds.), Freshwater Invertebrates of the Malaysian Region. Academy of Sciences, Malaysia, Kuala Lumpur
Yang L, Tan Z, Wang D, Xue L, Guan M, Huang T, Li R. 2014. Spesies identification through mitochondrial rRNA genetic analysis. Scientific Reports 4: 4089. Doi: 10.1038/srep04089.
