DESAIN PRIMER SECARA IN SILICO UNTUK AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN rpoB Mycobacterium tuberculosis DENGAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

Abstract

Amplifikasi DNA Mycobacterium tuberculosis dari gen rpoB dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Amplifikasi DNA dengan PCR diperlukan sepasang primer (forward dan reverse) untuk membatasi daerah yang ingin diamplifikasi. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain sepasang primer agar dapat mengamplifikasi fragmen 0,5 kb gen rpoB M.tuberculosis. Desain primer dilakukan secara in silico dengan bantuan program clone manager suite 6 (University of Groningen). Template yang digunakan dalam mendesain primer adalah sekuen gen rpoB M. tuberculosis H37RV wild type, yang diperoleh dari database NCBI dengan kode genbank U12205.1.

Penelitian ini telah berhasil memperoleh sekuen sepasang primer (forward dan reverse) dengan panjang masing-masing adalah 22 oligonukleotida. Primer ini dapat mengamplifikasi secara in silico fragmen 0,5 kb gen rpoB M. tuberculosis pada rentang daerah 990-1496 pb dengan panjang fragmen sebesar 507 pb.