Susunan Nukleotida Gen Hemagglutinin-Neuraminidase dari Virus Newcastle Disease Isolat Denpasar-03/AK/07

Abstract

Virus Newcastle Disease (ND) merupakan salah satu agen penyakit unggas infeksius yang tersebar di Bali dan bersifat endemik. Virus ND merupakan virus dengan materi genetik RNA sehingga memiliki tingkat mutasi yang tinggi. Oleh karena itu evaluasi keragaman genetik virus di lapangan perlu diadakan secara berkala. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui susunan  nukleotida gen penyandi protein HN dari Virus ND isolat lapangan asal kota Denpasar. Isolat Denpasar-03/AK/07 diisolasi dari kasus penyakit ND di Denpasar, Bali. Isolasi RNA dilakukan dengan metode Trizol. Fragmen gen penyandi protein HN diamplifikasi dengan RT-PCR. Hasil RT-PCR divisualisasikan pada gel agarosa 1% kemudian produk PCR ini disekuensing di PT. Genetika Science, Jakarta. Untuk melihat jarak genetik dan variasi asam amino, sekuen nukleotida yang didapat kemudian dijajarkan dengan beberapa isolate Virus ND terdahulu yang diakses dari  Gen Bank. Analisis filogenetik  dilakukan dengan menggunakan aplikasi MEGA version 6.0. Dari hasil analisa filogenetik didapatkan bahwa jarak genetik isolate ini dekat dengan isolat Bali-1/07 yakni 2,3 %. Namun terhadap isolat Banjarmasin /010/10, Gianyar /013/10, Kudus /018/10, dan Sragen /014/10 jarak genetiknya adalah 8,5%. Sementara itu dengan isolat Badung-02/AK/14 adalah 9 %. Jarak genetik anatara isolat Denpasar-03/AK/07 dengan isolat vaksin LaSota/46 (genotipe II) adalah 84,8%. Dari analisis susunan asam amino didapatkan bahwa ada variasi antara isolat Denpasar-03/AK/07 dengan isolat terdahulu dari genotipe VII.