AMPLIFIKASI SEKUEN IS6110 DENGAN EKSTRAKSI DNA MENGGUNAKAN METODE PEMANASAN (RAPID BOILING) UNTUK IDENTIFIKASI Mycobacterium tuberculosis

Abstract

Tuberkulosis merupakan penyakit infeksi yang disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis. Indonesia merupakan salah satu negara denga insiden Tuberkulosis tertinggi didunia. Diagnosis yang cepat dan tepat dapat membantu penanganan dan menuntaskan tuberkulosis. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui keberhasilan dan waktu optimal metode pemanasan (rapid boiling) dalam mengekstraksi DNA untuk identifikasi Mycobacterium tuberculosis. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental diagnostik yang menggunakan isolat Mycobacterium tuberculosis H37Rv dan tiga isolat klinis. Sampel dibagi menjadi kelompok kontrol negatif, kelompok kontrol positif hasil ekstraksi DNA menggunakan kit komersial dan kelompok perlakuan yaitu pemanasan sampel dengan suhu 100±1^oC berdasarkan waktu:  P1n(5 menit), P2n(10 menit), P3n(15 menit) dan P4 (30 menit). Hasil isolasi DNA kemudian diamplifikasi dengan PCR pada sekuen IS6110. Rerata intensitas pita DNA meningkat seiring waktu pemanasan yang meningkat. Pemanasan dengan waktu 5 menit, 10 menit, 15 menit dan 30 menit secara berurutan memiliki rerata intensitas pita DNA yaitu 12724,35±4559,64; 14448,17 ± 5743,03; 15398,90 ± 6355,67; dan 21199,02 ± 10385,21. Berdasarkan uji statistik tidakbditemukan perbedaan yang signifikan antara rerata intensitas pita DNA hasil ekstraksi menggunakan metode pemanasan dibandingkan dengan rerata intensitas pita DNA pada kontrol positif. Metode pemanasan (rapid boiling) dengan suhu 100^oC dapat digunakan untuk mengekstraksi genom DNA Mycobacterium tuberculosis sebagai template PCR untuk amplifikasi sekuen IS6110. Waktu optimal pemanasan adalah 10-30 menit. Penelitian lebih lanjut dengan ukuran sampel yang lebih besar dapat menjadi pengembangan penelitian selanjutnya.

Kata kunci: Amplifikasi Sekuen IS6110, Ekstraksi DNA, Metode Pemanasan, Identifikasi Mycobacterium tuberculosis.