Keragaman genetik masyarakat Pande Bangke Mawong di Desa Sumita, Kabupaten Gianyar, Bali berdasarkan penanda DNA mikrosatelit kromosom Y

  • I Gde Suryadi Program Magister Ilmu Biologi, Fakultas MIPA, Universitas Udayana
  • I Ketut Junitha Program Magister Ilmu Biologi, Fakultas MIPA, Universitas Udayana
  • Made Pharmawati Program Magister Ilmu Biologi, Fakultas MIPA, Universitas Udayana

Abstract

Masyarakat Pande Bangke Mawong di Desa Sumita merupakan salah satu bagian klan besar Pande di Bali. Asal-usul masyarakat Pande di Desa Sumita tersebut diketahui masih menjadi kontroversi. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui keragaman genetik masyarakat Pande Bangke Mawong di Desa Sumita berdasarkan penanda DNA mikrosatelit kromosom Y. Sampel diambil di Desa Sumita dan beberapa desa di Bali sebagai pembanding dengan metode purposive sampling. Tahapan penelitian meliputi ekstraksi DNA dengan metode fenol-kloroform yang telah dimodifikasi, amplifikasi DNA menggunakan penanda DNA mikrosatelit dengan lima macam primer yaitu DYS19, DYS390, DYS393, DYS395, dan SRY, elektroforesis produk PCR dengan Polyacrilamide Gel Electrophoresis (PAGE) 10%, visualisasi DNA dengan metode pewarnaan perak nitrat, dan DNA typing ditentukan melalui ukuran panjang DNA amplikon dengan mengukur jarak migrasinya pada gel yang diplot pada kertas semilog. Data frekuensi alel dan keragaman genetik dianalisis menggunakan software GenAlex 6.5. Hubungan kekerabatan dianalisis dengan metode UPGMA menggunakan software MEGA 7. Ditemukan delapan alel dan tiga haplotipe pada masyarakat Pande Bangke Mawong di Desa Sumita. Pada masyarakat Pande lainnya ditemukan 12 alel dan enam haplotipe. Nilai keragaman genetik masyarakat Pande di Desa Sumita adalah 0,035±0,014, sedangkan pada masyarakat Pande lainnya sebesar 0,432±0,112. Ragam alel dan haplotipe yang ditemukan pada masyarakat Pande Bangke Mawong menunjukkan adanya proses mikroevolusi yang disebabkan mutasi genetik. Hubungan kekerabatan masyarakat Pande di Desa Sumita paling dekat dengan masyarakat Pande di Desa Tenganan Pegringsingan dan Desa Renon yang dikenal sebagai salah satu desa tua di Bali.

Downloads

Download data is not yet available.

References

Butler E, Li R. 2014. Genetic Marker for Sex Identification in Forecsic DNA Analysis. Journal of Forensic Investigation 2(3): 1-10.
Campbell MC, Tishkoff SA. 2008. African Genetic Diversity: Implications for Human Demographic History, Modern Human Origins, and Complex Disease Mapping. Annual Review of Genomics and Human Genetics 9(1): 403–433.
Covarrubias M. 2013. Pulau Bali Temuan yang Menakjubkan. Udayana University Press: Denpasar.
Darmada NW, Sutama MG. 2001. Asal Usul Warga Pande di Bali. CV Bali Media: Denpasar.
Foster P, Kayser M, Meyer E, Roewer L, Pfeiffer H, Benkmann H, Brinkmann B. 1998. Phylogenetic Resolution of Complex Mutational Feautures at Y-STR DYS390 in Aboriginal Australians and Papuans. Molecular Biology Evolution 15(9): 1108-1114.
Guermonprez JF. 2012. Soroh Pande di Bali: Pembentukan Kasta dan Nilai Gelar. Alih Bahasa Paturusi SA dan Widyastuti. Udayana University Press: Denpasar.
Huthcinson F. 2006. DNA Band Size Semi-log Plotting. Science Education Partnership Cancer Research Center. (serial online). [cited 2018 Sep. 25]. Available from: URL: ttps://libguides.fredhutch.org/SEP
Junitha IK. 2004. Keragaman Genetik Masyarakat di Desa-desa Bali Aga Berdasarkan Analisis DNA dan Sidik Jari (disertasi). Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor: Bogor.
Junitha IK. 2007. Penggunaan DNA Mikrosatelit untuk Penelusuran Kawitan pada Soroh-soroh Masyarakat Bali (Suatu Kajian Pustaka). Jurnal Biologi 11(2): 50-54.
Junitha IK, Sudirga SK. 2007. Variasi DNA Mikrosatelit Kromosom Y pada Masyarakat Bali Mula Terunyan. HAYATI Journal of Bioscience 14(2): 59-64.
Junitha IK, Sudirga SK, Wijana MS. 2009. Variasi Genetik DNA Mikrosatelit Kromosom –Y Soroh Pasek Kayu Selem di Bali. Hayati Journal of Biological Researchers 3A(1): 39-43.
Junitha IK, Alit IB. 2011. Ragam Alel Mikrosatellite DNA Autosom pada Masyarakat Bali Aga Desa Sembiran Kabupaten Buleleng Bali. Jurnal Biota 16(1): 63-39.
Junitha IK, Pharmawati M, Rosiana W. 2012. Genetic Divesity of Soroh Celagi (Pasek Catur Sanak Clan) Based on Y Cromosomal Microsatellite DNA. Poster Presentation on ”4th International Conferences on Bioscience and Biotechnology, Denpasar, Bali” 21st – 23rd September 2012. Procedings, ISBN: 978-602-7776-48-7:239-243.
Junitha IK, Watiniasih NL. 2014. Male Genetic Diversity of Siwa Brahmin Clan in Bali Based on –Y Cromosomal Microsatellite DNA. Journal of Biology, Agriculture and Healthcare 4(1): 30-35.
Junitha IK, Wijana MS. 2017. Identifikasi Alel dan Kekuatan Pembeda Empat Lokus DNA Mikrosatelit Kromosom –Y pada Masyarakat Klan Pande di Bali untuk Kepentingan Forensik. Indonesian Journal of Legal and Forensic Science 7: 1-8.
Junitha IK, Watiniasih NL, Puspitha NLPR. 2017. Profil Genetika DNA Mikrosatelit Kromosom –Y Masyarakat Laki-laki Soroh Kayuan Pasek Catur Sanak Bali Mula. Jurnal Kajian Bali 7(1): 57-66.
Korompis GC. 2015. Biostatistika untuk Keperawatan. Penerbit Buku Kedokteran EGC: Jakarta.
Kupfer DM, Jenkins M, Burian D, Canfield DV. 2008. Use of Alternative Primers for Gender Discrimination in Human Forensic Genotyping. Office of Aerospace Medicine Federal Aviation Administration: Washington.
Mahardika IW, Junitha IK, Narayani I. 2016. Identitas Genetik Keturunan Soroh Pande di Kecamatan Seririt, Buleleng Berdasarkan DNA Mikrosatelit kromosom Y. Indonesian Journal of Legal and Forensic Sciences 3(2): 23-31.
Parra E, Shrriver MD, Soemantri A, McGarvey ST, Hundrieser J, Saha N, Deka R. 1999. Analysis of Five Y-Specific Microsatellite Loci in Asian and Pasific Populations. Journal Anthropology 110(1): 1-16.
Peakall R, Smouse PE. 2012. GenAlEx 6.5: Genetic Analysis in Excel. Population Genetic Software for Teaching and Research - an Update. Bioinformatics 28(19): 2537–2539.
Poerba YS, Martanti D. 2008. Keragaman Genetik Berdasarkan Marka Random Amplified Polymorphic DNA pada Amorphophallus muelleri Blume di Jawa. Biodiversitas 9(4): 245-249.
Sanderson SK. 2011. Makrososiologi Sebuah Pendekatan terhadap Realitas Sosiologi. PT Rajagrafindo Persada: Jakarta.
Septiasari NPS, Junitha IK, Wirasiti NN. 2017. Ragam Alel DNA Mitokondria Masyarakat Soroh Pande di Bali dengan Metode PCR-RFLP. Jurnal Metamorfosa 4(2): 210-217.
Starr C, Taggart R, Evers C, Starr L. 2009. Biologi Kesatuan dan Keragaman Makhluk Hidup. Edisi 12 Buku 1. Salemba Teknika: Jakarta.
Tegelström H. 1986. Mitochondrial DNA in Natural Population: An Improved Routine for Screening of Genetic Variation Based on Sensitive Silver Staining. Journal Electrophoresis 7: 226-229.
Tishkoff SA, Williams SM. 2002. Genetic Analysis of African Populations: Human Evolution and Complex Disease. Nature Review Genetics 3(8): 611-621.
Underhill PA, Passarino G, Lin AA, Marzuki S, Oefner PJ, Cavalli-Sforza LL, Chambers GK. 2001. Maori Origins, Y-Chromosome Haplotypes and Implications for Human History in the Pacific. Human Mutation 17(4): 271-280.
Wening S, Prasetyo AE, Rozziansha TAP, Susanto A. 2016. Optimasi Protokol Ekstraksi DNA Elaeidobius kamerunicus. J. Pen. Kelapa Sawit 24(2): 77-86.
Wulandari NPP, Junitha IK, Wirasiti NN. 2014. Penelitian Pendahuluan Variasi Genetik Masyarakat Soroh Pande Berdasarkan Penanda DNA Mikrosatelit Kromosom Y: Masyarakat Soroh Pande Desa Abiansemal, Badung. Jurnal Biologi 18(1): 5-9.
Published
2020-06-30
How to Cite
SURYADI, I Gde; JUNITHA, I Ketut; PHARMAWATI, Made. Keragaman genetik masyarakat Pande Bangke Mawong di Desa Sumita, Kabupaten Gianyar, Bali berdasarkan penanda DNA mikrosatelit kromosom Y. Jurnal Biologi Udayana, [S.l.], v. 24, n. 1, p. 16-25, june 2020. ISSN 2599-2856. Available at: <https://ojs.unud.ac.id/index.php/BIO/article/view/61372>. Date accessed: 10 aug. 2020. doi: https://doi.org/10.24843/JBIOUNUD.2020.v24.i01.p03.